Stasiun Parakan didirikan bersamaan dengan pembangunan jalur simpang dari Secang-Temanggung-Parakan. Pembangunan jalur ini selesai secara bertahap. Jalur Secang-Temanggung selesai pada tanggal 03 Januari 1907 sedangkan Temanggung-Parakan selesai pada tanggal 01 Juli 1907. Tadinya jalur ini akan disambungkan dengan jalur Purwokerto-Wonosobo tetapi karena Topografi yang berupa pegunungan dan terdapat dua Gunung yang berdekatan yaitu G. Sindoro dan G. Sumbing, maka Belanda pada waktu itu tidak jadi menghubungkan kedua jalur tersebut. Baik Parakan dan Kota Temanggung sendiri menghasilkan rempah-rempah dan hasil bumi seperti sayuran, tembakau dan lain-lain.